Años finales: regreso, rehabilitación y síntesis

1941-50

Periodo de gran actividad institucional.

Director de la Biblioteca Nacional (mayo 1941 – febrero 1947).

Publica Hernán Cortés, creador de la nacionalidad (1941) y El realismo científico (1942).

Viaja a España invitado por el gobierno, y en Argentina participa en la fundación del Colegio de Enseñanza Superior (1942).

Preside el comité organizador del Congreso Nacional de Educación, e interviene en el Primer Congreso Terciario Franciscano.

Miembro fundador del Colegio Nacional de México (1943)

Es investido Doctor honoris causa por las universidades Nacional de México, Puerto Rico, Chile, Guatemala y El Salvador.

Fallecida su primera esposa, contrae de nuevo matrimonio con la pianista Esperanza Cruz (1943). En 1945 nace su hijo Héctor, hasta hace poco embajador de México en Dinamarca.

Publica Lógica orgánica y El viento de Bagdad (1945)

Es homenajeado por la Confederación Nacional de Estudiantes (1946).

Participa en congresos de Filosofía en Washington y Venecia.

1950-59

Es condecorado en España con la Orden de Isabel la Católica (1950).

Conferencias en San Marcos de Lima (1951).

Publica Todología. Filosofía de la coordinación, suma de sus escritos filosóficos, y Filosofía Estética (1952), volumen que refleja claramente su giro hacia el catolicismo.

Miembro numerario de la Academia Mexicana de la Lengua, silla V (1953).

Inicia la publicación de Temas contemporáneos (1955).

Empiezan a editarse su Obras Completas, y En el ocaso de mi vida (1957).

Publica Don Evaristo Madero. Biografía de un patricio (1958).

1959

Fallece en Ciudad de México el 30 de junio de 1959. Es sepultado en el Panteón Jardín el 2 de julio.

Se publican póstumamente sus Cartas políticas, Letanías, y La Flama: los de arriba en la Revolución, que es considerado como el quinto tomo de sus memorias, pero que descansa olvidado por ser el más políticamente incorrecto.